Храм стоит на невысоком холме посреди равнинного Завеличья и окружен кладбищем, на котором есть несколько каменных крестов 14-16 вв. Ныне это известный городской некрополь, где много захоронений выдающихся псковичей. Так, в северной части кладбища - могила знаменитого архитектора-реставратора, знатока псковских древностей, Юрия Павловича Спегальского, почетного гражданина Пскова. Территория кладбища ограждена каменной оградой с надвратной колокольней (1881 г.).
Мироносицкая церковь 1546 г. поставлена в центре некрополя, на месте более древней, деревянной на скудельницах (т.е. на кладбище с общими могилами убитых и умерших во время мора). Возведена она была на средства известного Московского (прежде - Новгородского) митрополита Макария. В 1-й Псковской летописи читаем также о других заказчиках храма: «...церковь поставиша на скудельницах святых жен-Мироносиц приказщик Богдан Ковырин да Григореи Иванов Титова Кирилла мыльника да и придел в него имя святого Кирила поставиша, да и о слоужбу вседневноую учиниша и попов и дьякона, да общее житие составиша...»