Прежде на этом месте стояла деревянная церковь, сгоревшая в 1458 году. В 1462 году Псковский князь Владимир Андреевич и степенный посадник Зиновий Михайлович заложили нынешнюю плитяную церковь, которая и была окончена в 1463 году. В приделе ее хранился для боевых потребностей порох, который взорвался во время пожара 1507 году, причем придел был совершенно разрушен и пострадала самая церковь. В 1541 году церковь также горела.
Массивные, на толстых низких столбах святые ворота, судя по конструкции, древней постройки. Паперть и оба придела – во имя святого Саввы Освященного и Митрофания Воронежского – новые.
После революции 1917 года храм был закрыт. В годы Великой Отечественной войны колокольня храма была уничтожена.