Летописных свидетельств о постройке монастырского храма св. Николая Чудотворца не сохранилось. Известно, что Любятовский Николаевский монастырь существовал уже в XVI веке. Во время основания монастырь находился вне города и посада, в селе Любятове.
Исследователь псковской архитектуры В.В.Седов отмечает, что храм, скорее всего, был построен в период между 1540 и 1560 годами. Первоначально он был пятиглавым. Ю.П.Спегальский в работе «Псков» (Москва-Ленинград, 1963 год) опубликовал графическую реконструкцию памятника.
Интерес представляет то, что престол Никольского храма был основан на святом источнике, который сохранялся в подцерковье до 1872 года (тогда он был засыпан, как дающий сырость и портящий вещи в алтаре).
По благословению Высокопреосвященнейшего Евсевия Архиепископа Псковского и Великолукского с лета 2003 г. при храме активно действует православная Паломническая служба.